Στην βιολογία, το περιβάλλον μπορεί να καθοριστεί σαν ενα σύνολο κλιματικών, βιοτικών, κοινωνικών και εδαφικών παραγόντων που δρουν σε έναν οργανισμό και καθορίζουν την ανάπτυξη και την επιβίωση του. Έτσι, περιλαμβάνει οτιδήποτε μπορεί να επηρεάσει άμεσα τον μεταβολισμό ή τη συμπεριφορά των ζωντανών οργανισμών ή ειδών, όπως το φως, ο αέρας, το νερό, το έδαφος και άλλοι παράγοντες. Δείτε επίσης το άρθρο για το φυσικό περιβάλλον και τη φυσική επιλογή.
Στην αρχιτεκτονική, την εργονομία και την ασφάλεια στην εργασία, περιβάλλον είναι το σύνολο των χαρακτηριστικών ενός δωματίου ή κτιρίου που επηρεάζουν την ποιότητα ζωής και την αποδοτικότητα, περιλαμβανομένων των διαστάσεων και της διαρρύθμισης των χώρων διαβίωσης και της επίπλωσης, του φωτισμού, του αερισμού, της θερμοκρασίας, του θορύβου κλπ. Επίσης μπορεί να αναφέρεται στο σύνολο των δομικών κατασκευών. Δείτε επίσης το άρθρο για το δομημένο περιβάλλον.
Στην ψυχολογία, περιβαλλοντισμός είναι η θεωρία ότι το περιβάλλον (με τη γενική και κοινωνική έννοια) παίζει μεγαλύτερο ρόλο από την κληρονομικότητα καθορίζοντας την ανάπτυξη ενός ατόμου. Συγκεκριμένα, το περιβάλλον είναι ένας σημαντικός παράγοντας πολλών ψυχολογικών θεωριών.
Στην τέχνη, το περιβάλλον αποτελεί κινητήριο μοχλό και μούσα εμπνέοντας τους ζωγράφους ή τους ποιητές. Σε όλες τις μορφές της Τέχνης αποτελεί έμπνευση και οι Καλές Τέχνες φανερώνουν την επιρροή οπού άσκησε σε όλους τους καλλιτέχνες με όποιο είδος Τέχνης κι αν ασχολούνται. Ο άνθρωπος μέσα στο περιβάλλον δημιουργεί Μουσική, Ζωγραφική, Ποίηση, Γλυπτική, χορό, τραγούδι, θέατρο, αλλά και όλες οι μορφές τέχνης έχουν άμεση έμπνευση από το περιβάλλον.

Πέμπτη 31 Ιανουαρίου 2019

Comparison of different conditions for DNA extraction in sputum - a pilot study

Abstract

Background

The analysis of microbiome in respiratory samples is a topic of great interest in chronic respiratory diseases. The method used to prepare sputum samples for microbiome analysis is very heterogeneous. The selection of the most suitable methodology for DNA extraction is fundamental to have the most representative data. The objective of this study was to compare different conditions for DNA extraction from sputum in adult patients with bronchiectasis.

Methods

Five sputum samples from bronchiectasis patients were collected at the Policlinico Hospital in Milan, Italy. Eighteen conditions for DNA extraction were compared, including two enzyme-based (Roche and Zymo) and one beads-based (Mobio) technique. These techniques were tested with/without Dithiothreitol (DTT) and with/without lysostaphin (0.18 and 0.36 mg/mL) step. DNA was quantified, tested using Real-time PCR for 16S rDNA and S. aureus and, then, microbiome was evaluated.

Results

Although 16S rDNA was similarly detected across all the different techniques, Roche kit gave the highest DNA yield. The lowest Ct values for Real-time PCR for S. aureus was identified when lysostaphin was added. Considering genera from microbiome, alpha diversity indices did not show any significant differences between techniques, while relative abundances were more similar in presence of DTT.

Conclusions

None of the conditions emerged to be superior to the others even if enzyme-based kits seem to be needed in order to have a higher extraction yield.



http://bit.ly/2sYNgP1
Αναρτήθηκε από στις

Δεν υπάρχουν σχόλια:

Δημοσίευση σχολίου

Εγγραφή σε: Σχόλια ανάρτησης (Atom)