Το περιβάλλον με οικολογική σημασία: Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry [Technological Innovation and Resources]

Στην βιολογία, το περιβάλλον μπορεί να καθοριστεί σαν ενα σύνολο κλιματικών, βιοτικών, κοινωνικών και εδαφικών παραγόντων που δρουν σε έναν οργανισμό και καθορίζουν την ανάπτυξη και την επιβίωση του. Έτσι, περιλαμβάνει οτιδήποτε μπορεί να επηρεάσει άμεσα τον μεταβολισμό ή τη συμπεριφορά των ζωντανών οργανισμών ή ειδών, όπως το φως, ο αέρας, το νερό, το έδαφος και άλλοι παράγοντες. Δείτε επίσης το άρθρο για το φυσικό περιβάλλον και τη φυσική επιλογή.

Στην αρχιτεκτονική, την εργονομία και την ασφάλεια στην εργασία, περιβάλλον είναι το σύνολο των χαρακτηριστικών ενός δωματίου ή κτιρίου που επηρεάζουν την ποιότητα ζωής και την αποδοτικότητα, περιλαμβανομένων των διαστάσεων και της διαρρύθμισης των χώρων διαβίωσης και της επίπλωσης, του φωτισμού, του αερισμού, της θερμοκρασίας, του θορύβου κλπ. Επίσης μπορεί να αναφέρεται στο σύνολο των δομικών κατασκευών. Δείτε επίσης το άρθρο για το δομημένο περιβάλλον.

Στην ψυχολογία, περιβαλλοντισμός είναι η θεωρία ότι το περιβάλλον (με τη γενική και κοινωνική έννοια) παίζει μεγαλύτερο ρόλο από την κληρονομικότητα καθορίζοντας την ανάπτυξη ενός ατόμου. Συγκεκριμένα, το περιβάλλον είναι ένας σημαντικός παράγοντας πολλών ψυχολογικών θεωριών.

Στην τέχνη, το περιβάλλον αποτελεί κινητήριο μοχλό και μούσα εμπνέοντας τους ζωγράφους ή τους ποιητές. Σε όλες τις μορφές της Τέχνης αποτελεί έμπνευση και οι Καλές Τέχνες φανερώνουν την επιρροή οπού άσκησε σε όλους τους καλλιτέχνες με όποιο είδος Τέχνης κι αν ασχολούνται. Ο άνθρωπος μέσα στο περιβάλλον δημιουργεί Μουσική, Ζωγραφική, Ποίηση, Γλυπτική, χορό, τραγούδι, θέατρο, αλλά και όλες οι μορφές τέχνης έχουν άμεση έμπνευση από το περιβάλλον.

Πέμπτη 17 Ιανουαρίου 2019

Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry [Technological Innovation and Resources]

Quantitative cross-linking mass spectrometry (QCLMS) reveals structural detail on altered protein states in solution. On its way to becoming a routine technology, QCLMS could benefit from data-independent acquisition (DIA), which generally enables greater reproducibility than data-dependent acquisition (DDA) and increased throughput over targeted methods. Therefore, here we introduce DIA to QCLMS by extending a widely used DIA software, Spectronaut, to also accommodate cross-link data. A mixture of seven proteins cross-linked with bis[sulfosuccinimidyl] suberate (BS3) was used to evaluate this workflow. Out of the 414 identified unique residue pairs, 292 (70%) were quantifiable across triplicates with a coefficient of variation (CV) of 10%, with manual correction of peak selection and boundaries for PSMs in the lower quartile of individual CV values. This compares favourably to DDA where we quantified cross-links across triplicates with a CV of 66%, for a single protein. We found DIA-QCLMS to be capable of detecting changing abundances of cross-linked peptides in complex mixtures, despite the ratio compression encountered when increasing sample complexity through the addition of E. coli cell lysate as matrix. In conclusion, the DIA software Spectronaut can now be used in cross-linking and DIA is indeed able to improve QCLMS.

from ! Human Diseases via Alexandros G.Sfakianakis on Inoreader http://bit.ly/2MdI0Qy

Δεν υπάρχουν σχόλια:

Δημοσίευση σχολίου

Εγγραφή σε: Σχόλια ανάρτησης (Atom)